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PrimerPlex
PrimerPlex

PrimerPlexは、マルチプレックスアッセイ用のオリゴを設計するための効率的で洗練されたツールです。

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言語: PrimerPlexはENG
種別: PrimerPlexはShareware
参考価格: N/A
製作者: PREMIER Biosoft International 
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サイズ N/A
予定価格: 476,501 円(税込)
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【説明】
PrimerPlexは、マルチプレックスアッセイ用のオリゴを設計するための効率的で洗練されたツールです。マルチプレックスアッセイは、単一の反応容器で複数のターゲットの増幅を促進し、実験の時間とコストの両方を削減します。

マルチプレックスPCRのプライマー設計には、プライマーダイマー、類似の電気泳動移動度を持つアンプリコンを分離できない、非ターゲットDNAテンプレートへの非特異的結合によるミスプライミングなど、いくつかの課題があります。PrimerPlexは独自のアルゴリズムを使用して、100以上のシーケンスの均一な反応条件下で最適なマルチプレックスプライマーセットを設計します。プライマーセットは、プール内のすべてのプライマーをスクリーニングし、Tmの不一致を最小限に抑えて特定の増幅と高い信号強度を確保した後に識別されます。このプロセスでは、数百万の可能なマルチプレックスプライマーセットを数秒で分析し、代替セットのリストを表示します。設計されたプライマーペアのセット間で最小の製品サイズの違いを指定して、ゲル上のバンドをよりよく視覚化できます。プライマーの特異性を保証するために、
SNPジェノタイピング研究では、PrimerPlexがSNP隣接プライマーを設計します。結果には、製品サイズ、アニーリング温度、およびその他の生理化学的オリゴ特性を持つ各DNAテンプレートのプライマーペアが含まれます。二次構造のグラフィック表示も利用でき、それらが反応を妨害するかどうかを確認するのに役立ちます。
マルチプレックスPCRアッセイは、遺伝子発現分析(ゲル電気泳動を使用したエンドポイント検出)、ジェノタイピングなどのハイスループットSNPアプリケーション、次世代シーケンシング、病原体検出、株タイピング、ハプロタイピングに必要なターゲット濃縮に使用されます。PrimerPlexは、ハイスループットSNPジェノタイピングアッセイ用に、最適な対立遺伝子特異的キャプチャープローブとAllele Specific Primer Extension(ASPE)プライマーをさらに設計します。

特徴
・マルチプレックスSNP検出と高スループットジェノタイピング
PrimerPlexを使用すると、SNPに隣接するマルチプレックスPCRプライマー、3 '端にSNPを持つASPEプライマー、SNPが中央にあるキャプチャプローブを設計できます。PrimerPlexを使用すると、中型のゲノムシーケンスのすべての変異を検出できます。これらのプライマーとプローブの多重化がチェックされ、可能な限り最良のセットが表示されます。

・マルチプレックスPCRプライマー設計
マルチプレックスアッセイに適したプライマーセットを設計することは、困難な作業になる可能性があります。PrimerPlexは革新的な独自のアルゴリズムを使用して、最適なマルチプレックスプライマーセットを設計し、Tmの不一致を最小限に抑えます。すべてのセットの交差反応性が分析され、特異的で効率的な増幅が保証されます。さまざまなソート可能な順序で提示された代替のリストから、実験のニーズに最適なセットを選択できます。PrimerPlexを使用すると、3 '末端、5'末端、これらの末端から指定された距離、またはシーケンス内のどこかにプライマーを柔軟に設計できます。

SNPジェノタイピングアッセイでは、SNP、DIP(削除/挿入多型)、MNP(複数ヌクレオチド多型)などの変異に隣接するプライマーがプログラムによって設計されます。

・包括的なアッセイサポート
PrimerPlexを使用して、マルチプレックスPCR、ASPE、およびダイレクトハイブリダイゼーションアッセイ用のオリゴを設計します。オリゴは交差反応性についてスクリーニングされ、高い信号強度を確保し、Tmの不一致を最小限に抑えます。オリゴはダイマー、ラン、リピートについてスクリーニングされます。

・次世代シーケンシングアッセイ
PrimePlexを使用すると、SNP、DIP(Deletion / Insertion Polymorphisms)、MNP(Multiple Nucleotide Polymorphisms)などのプレシーケンスサンプル前処理および変異検出用のマルチプレックスオリゴの設計は、いくつかのボタンをクリックするだけで簡単です。

・プライマー特異性
プログラムBLASTは、1回の検索実行で複数の配列を検索します。結果は自動的に解釈され、識別された相同性はプライマー設計中に回避され、設計が非常に特異的であることを保証します。

・設計済みのプライマーとプローブを評価
PrimerPlexは、事前に設計された実績のあるオリゴを使用して、マルチプレックスセットを構築できます。各シーケンスのオリゴを指定した後、それらの特性が分析され、ユーザーはそのように発見された逸脱について警告されます。事前に設計されたオリゴが利用できないシーケンスについては、PrimerPlexがそれらを設計し、多重化をチェックして、互換性の問題がある場合はそれを強調表示します。その後、ユーザーはデザインを受け入れるか、別のプールを作成するかを決定できます。この機能により、ユーザーが完全に制御できます。

・MagPlex TAGの追加
プログラムは現在、各ASPEプライマーに適切なタグを自動的に追加するために、MagPlex TAGのデータベースとMicroPlex xTAG(以前はFlexMAP TAGと呼ばれていました)のデータベースもサポートしています。タグは、二量体化を最小限に抑え、取り付けられているオリゴで折り返されないように選択されています。さらに、ユーザーはプログラムの推奨事項を上書きして、自分でタグを選択できます。PrimerPlexは、タグが一意でない場合、または選択したタグがオリゴと互換性がない場合にユーザーに警告します。
PrimerPlex
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