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Primer Premier
Primer Premier

Primer Premierは、PCRプライマーを設計および分析するための最も包括的なソフトウェアです。

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言語: Primer PremierはENG
種別: Primer PremierはShareware
参考価格: N/A
製作者: PREMIER Biosoft International 
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サイズ N/A
予定価格: 232,912 円(税込)
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【説明】
Primer Premierは、PCRプライマーを設計および分析するための最も包括的なソフトウェアです。

Primer Premierの検索アルゴリズムは、最も近い熱力学アルゴリズムを使用して、最も正確な融解温度を持つ最適なPCR、マルチプレックス、SNPジェノタイピングプライマーを見つけます。プライマーは、シーケンスに最適なものをランク順に報告する前に、二次構造、二量体、ヘアピン、相同性、および物理特性についてスクリーニングされます。便利な計算機を搭載しているため、シーケンスを簡単に操作し、プライマー設計の結果を分析できます。

NCBIから目的の遺伝子を読み込み、検索範囲を選択して、座り、Primer Premierに最適なプライマーを選択させます。

●SNPジェノタイピングアッセイのプライマー設計
Primer Premierを使用すると、dbSNPからシーケンスをロードし、SNPに隣接するように設計されたプライマーを選択できます。標準のGenBank / dbSNPファイルでバリエーション機能として指定することにより、数百の未公開SNPをロードすることもできます。SNPを特定した後、プライマーを設計して、プローブベースのケミストリーを使用した検出用に増幅できます。

●マルチプレックスアッセイ
マルチプレックス実験の場合、Primer Premierでは、プライマー検索をバッチ
モードで起動し、設計されたプライマーの交差反応性をチェックして、誤ったプライミングを減らすことができます。

●自動ホモロジーとテンプレート構造の回避
Primer Premierは、BLAST検索結果を自動的に解釈し、それらの領域を避けて、データベースとの重要な相互相同性を持つプライマーを設計します。これらの相同領域はシーケンスビューで強調表示され、プライマー検索中には回避されます。

伸長温度ではテンプレート構造が存在するため、プライマーの伸長が妨げられる可能性があります。テンプレートが折り畳まれる可能性があるすべての領域を回避するために、プログラムは独自のアルゴリズムを使用して、指定された折り畳み温度でテンプレート内の可能な二次構造をチェックします。二次構造の形成に関与する領域には、シーケンスビューで下線が引かれ、プライマーの設計中に回避されます。

相同領域を回避すると、オリゴは非常に特異的になり、テンプレート構造を回避すると、設計されたプライマーの効率が向上します。

●手動プライマー検索
Primer Premierは、ユーザーにプライマー設計の完全な制御を提供します。手動プライマー検索オプションを使用すると、ユーザーはテンプレート配列の任意の位置を選択して、センスまたはアンチセンスプライマーを設計できます。Primer Premierは、新しいプライマーの特性を即座に計算して表示します。ユーザーが最終的に選択したプライマーは、メインウィンドウのシーケンスビューに表示されます。

●テンプレートシーケンスの編集
テンプレートシーケンスは編集可能であり、ユーザーが変更できます。ベースは、標準の切り取り/コピー/貼り付け機能を使用して変更できます。シーケンスの不要な領域は、[削除]ボタンを使用して削除できます。ユーザーはシーケンスにコメントを付けたり、注釈を付けたり、後で参照できるように保存したりできます。

【特長】
・新しい改良された検索アルゴリズム
・新しい改良された検索アルゴリズム。
・自動相同性とテンプレート構造の回避。
・シーケンスのプライマーを視覚化するシーケンスビュー。
・新しく改善されたグラフィカルユーザーインターフェイス。

●自動シーケンス検索
アクセッション/ GI番号とアッセイIDを使用して、シーケンスのバッチをGenBankおよびdbSNPからプログラムに直接すばやく取得します。複数の検索機能を使用して、シーケンスをローカルドライブからロードできます。

●自動ホモロジーとテンプレート構造の回避
プライマーの特異性は、BLAST検索を実行し、プログラム内からテンプレート構造を検索することで実現できます。これらの両方の検索の結果は、プライマーの設計中に使用されます。重要なクロスホモロジーとテンプレート構造を示す領域は、プライマー設計中に自動的に回避されます。

●事前設計されたプライマーの評価
Primer Premierは、事前に設計されたプライマーの特性を分析および評価し、それらをランク付けして、プライマーが目的のターゲット値からどれだけ離れているかを判断します。この機能は、公開済みまたは事前に設計された実績のあるプライマーを使用している場合に特に役立ちます。最大5つのミスマッチのあるプライマーも評価できます。

特定のプライマーについては、プライマープレミアは互換性のあるセットを設計することもできます。たとえば、事前に設計または公開されたフォワードプライマーの場合、Primer Premierは、すべての設計基準を満たす互換性のあるリバースプライマーを見つけることができます。

テンプレートシーケンスを入力しなくても、フォワード/リバースプライマーまたはプライマーペアを評価できます。Primer Premierは、分析中のオリゴのすべてのプロパティを表示し、HTMLまたはcsvファイル形式でエクスポートします。プライマーはランク付けされているため、ターゲット値にどれだけ近いかを判断できます。

●手動プライマー検索
プライマープレミアは、ユーザーの手でプライマー設計を完全に制御します。手動プライマー検索オプションを使用すると、ユーザーはテンプレートシーケンスの任意のヌクレオチドをクリックして、選択した場所でプライマーを取得できます。Primer Premierは、3 '末端がそのヌクレオチドにあるプライマーを設計し、その特性を即座に分析します。プライマーの長さも、ユーザーの都合に合わせて増減できます。変異誘発とクローニングの場合、この機能は、他の制約のある領域で最適な設計を得るのに役立ちます。Primer Premierは、DNAシーケンスに沿ってプライマーシーケンスを「スライド」させ、プロパティをリアルタイムで表示します。これにより、ユーザーはオリゴを見つける最適な位置を視覚化できます。

●テンプレートシーケンスの編集
テンプレートシーケンスは編集できます。ベースは、標準の切り取り/コピー/貼り付け機能を使用して、目的の場所にゼロ調整するように変更できます。シーケンスの不要な領域は、それらを選択して「削除」をクリックすることで削除できます。このプログラムでは、ユーザーがシーケンスのコメントや注釈を追加して、後で参照することもできます。

●シーケンスビュー
選択した配列は、ブロックあたり3または10塩基、一本鎖または二本鎖で表示できます。設計されたプライマーはマークされ、センスプライマーは青、アンチセンスプライマーは赤で示されます。選択されたSNPはピンク色でマークされます。相同領域は黄色で強調表示され、テンプレート構造に参加している塩基に下線が引かれています。プライマー設計の結果とともに「シーケンスビュー」をcsvまたはHTML形式でエクスポートできます。

●レポートを生成
ラボノートブックや同僚と情報を共有するために設計したアッセイのプレゼンテーション品質レポートを作成できます。レポートは、シーケンス上のプライマーの位置を視覚化し、代替プライマーのリストを含み、プライマー、アンプリコン、配列のプロパティ、およびプライマー設計プログラムで使用される設計パラメーターを表示します。

●ローカルおよびデスクトップのBLASTオプション
ローカルおよびデスクトップのBLASTオプションを使用して、ローカルカスタムデータベースに対してシーケンスをBLASTできます。コンピューターでテキストまたはFASTA形式のシーケンスのデータベースを作成し、Primer PremierからクエリシーケンスをBLASTします。その後、結果はプライマー設計に使用されます。このサポートは、インターネットでデータを送信したくない場合、または未公開の情報を使用している場合に特に役立ちます。

●電卓
内蔵の計算機がGC%を計算し、塩基数を表示して、相補鎖と逆相補鎖を取得できるようにします。

●データおよびデータベース管理
複数のプロジェクトを作成できます。複数の実験のデータは、実験ごとに個別のプロジェクトを作成することで簡単に管理できます。シーケンス情報と検索結果のローカルデータベースを維持します。
Primer Premier
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