CodonCode Alignerは、シーケンスアセンブリ、コンティグ編集、および変異検出用のプログラムで、WindowsおよびMac OS Xで使用できます。AlignerはPhred-Phrapと互換性があり、シーケンス品質スコアを完全にサポートすると同時に、使い慣れた、習得しやすいユーザーインターフェイスを提供します。
CodonCode Alignerを使用すると、次のことができます。
・テキストファイルからシーケンスをインポートする
・ABI、SCF、およびFASTQファイルからシーケンスをインポートします
・エンドクリップ
・ベクトルトリム
・コンティグを組み立てる
・参照シーケンスに合わせる
・トレースへのリンクを維持しながら、コンティグを互いに整列させます
・サンプル名に基づいて、グループで組み立てまたは整列します
・ヘテロ接合変異を見つける
・ヘテロ接合の挿入と削除を分析する
・低品質のコンセンサス領域など、関心領域（「機能」）を定義します
・ユーザー定義の機能間をすばやく移動する
・系統樹と制限マップを生成する
・Alignerプロジェクトから直接PhredとPhrapを実行する
・シーケンスと機能のエクスポート
・差異表とタンパク質翻訳を参照してください
・デザインプライマー
・細菌ゲノムと小さなNGSシーケンスプロジェクトを組み立てる
・RFLP分析用の酵素を見つけて仮想ゲルを作成する
・メチル化されたシーケンスを分析し、生のトレースデータを表示します
CodonCode Alignerを使用すると、複雑なコマンドラインオプションやPerlプログラミングを習得しなくても、ベース呼び出しとシーケンスアセンブリの最新のアルゴリズムを最大限に活用できます。
試用版ダウンロードはこちら
メーカーの製品サイト
https://www.codoncode.com/aligner/index.htm
【種別】シェアウェア
【言語】英語
CodonCode Alignerを使用すると、次のことができます。
・テキストファイルからシーケンスをインポートする
・ABI、SCF、およびFASTQファイルからシーケンスをインポートします
・エンドクリップ
・ベクトルトリム
・コンティグを組み立てる
・参照シーケンスに合わせる
・トレースへのリンクを維持しながら、コンティグを互いに整列させます
・サンプル名に基づいて、グループで組み立てまたは整列します
・ヘテロ接合変異を見つける
・ヘテロ接合の挿入と削除を分析する
・低品質のコンセンサス領域など、関心領域（「機能」）を定義します
・ユーザー定義の機能間をすばやく移動する
・系統樹と制限マップを生成する
・Alignerプロジェクトから直接PhredとPhrapを実行する
・シーケンスと機能のエクスポート
・差異表とタンパク質翻訳を参照してください
・デザインプライマー
・細菌ゲノムと小さなNGSシーケンスプロジェクトを組み立てる
・RFLP分析用の酵素を見つけて仮想ゲルを作成する
・メチル化されたシーケンスを分析し、生のトレースデータを表示します
CodonCode Alignerを使用すると、複雑なコマンドラインオプションやPerlプログラミングを習得しなくても、ベース呼び出しとシーケンスアセンブリの最新のアルゴリズムを最大限に活用できます。
試用版ダウンロードはこちら
メーカーの製品サイト
https://www.codoncode.com/aligner/index.htm
【種別】シェアウェア
【言語】英語
